En juin 2019, Rackete a été le capitaine de Sea-Watch 3, un navire de 645 tonneaux de jauge brute, qui bat pavillon néerlandais. Le 12 juin, le navire a embarqué 53 migrants en Méditerranée, au large des côtes libyennes. Le Sea-Watch 3 a rejeté une offre d'accostage à Tripoli, considérée comme peu sûre par l'Union européenne et les organisations humanitaires, et s'est dirigé vers Lampedusa. D'après une carte affichée et un rapport du Süddeutsche Zeitung et d'autres organisations non gouvernementales (ONG), il s'agissait du port le plus proche, conformément à la législation maritime. Le 14 juin, l'Italie a fermé ses ports aux navires de sauvetage de migrants. Le 14 juin, l'Italie a fermé ses ports aux navires de sauvetage de migrants. Le ministre italien de l'intérieur, Matteo Salvini, a refusé d'autoriser le navire à accoster tant que d'autres nations européennes n'avaient pas accepté de prendre les migrants. Dix des migrants, dont des enfants, des femmes enceintes et des malades, ont été autorisés à débarquer. Le 28 juin, la Finlande, la France, l'Allemagne, le Luxembourg et le Portugal ont proposé d'accueillir les migrants. Le 29 juin, sans autorisation, Rackete a décidé de débarquer. La motivation de cette décision était que, selon elle, les passagers étaient épuisés. Rackete a été arrêté par les autorités italiennes après l'accostage. Le ministre italien de l'intérieur, Matteo Salvini, a accusé Rackete d'avoir tenté de couler un patrouilleur italien qui tentait de l'intercepter et avec lequel son navire est entré en collision, qualifiant l'incident d'acte de guerre et demandant l'intervention des Pays-Bas. Le Premier ministre italien Giuseppe Conte s'est "empressé d'aborder la question" lors du sommet du G20 à Osaka en 2019. L'Allemagne a protesté contre l'arrestation. Les appels de fonds en Italie et en Allemagne ont permis de récolter plus d'un million de dollars à partir du 1er juillet pour la défense juridique de Sea-Watch. Fortune a qualifié Rackete de "nouveau visage" de la crise des migrants européens.